Nació en la Ciudad de México el 14 de agosto de 1770. Pasó su infancia en Ixtacuixtla, Tlaxcala.

Sacerdote liberal y caudillo de la Independencia. Por sospechas de abrigar simpatías por la insurgencia, se dio orden de aprehensión en su contra, pero Matamoros logró escapar.

Luego de que Morelos rompiera el sitio de Cuautla (1812), reorganizó sus tropas y levantó un regimiento de dragones llamado del Apóstol San Pedro.

El 5 de enero de 1814 fue apresado en Puruarán y hecho prisionero.

A pesar de que Morelos ofreció 200 prisioneros realistas a cambio de Matamoros, éste fue fusilado el 3 de febrero de 1814.

Sus restos descansan ahora en la columna de la Independencia.