El presidente Andrés Manuel López Obrador (AMLO) y Porfirio Muñoz Ledo, durante años compartieron militancia; primero, en el Partido Revolucionario Institucional (PRI) y, posteriormente, fueron parte del Partido de la Revolución Democrática (PRD).
Fue Muñoz Ledo quién le entregó la banda presidencial en 2018 a López Obrador.
Durante sus últimos años, Muñoz Ledo se sumó al Movimiento de Regeneración Nacional (Morena). Encabezó junto con el presidente diferentes manifestaciones, entre ellas, en contra de la Reforma Energética en 2013.
En los últimos años, se convirtió en uno de los críticos del gobierno de AMLO. En 2022 acusó al Ejecutivo de querer militarizar al país. En una carta titulada “Llamado a restaurar la República” que difundió a través de su cuenta de Twitter criticó la decisión del presidente de hacer que la Guardia Nacional dependiera de la Secretaría de Defensa Nacional (Sedena).
Además, fue un crítico de los procesos internos de Morena. En 2020 señaló que el Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación (TEPJF) otorgó ventaja a los “caciques” de Morena, esto, durante las elecciones por la dirigencia nacional del partido. Un año después, en 2021 indicó que en Morena se usaron candidaturas como “monedas de cambio”.
En octubre de 2022, Muñoz Ledo calificó a AMLO como el antagónico de Benito Juárez. A través de su cuenta de Twitter escribió: “AMLO viola en lo interior la Constitución y las leyes, y se burla en lo exterior de los Tratados suscritos por México”
Meses antes, en junio de 2022 aseveró que López Obrador tiene nexos con el crimen organizado. Esto ocurrió durante su participación en la XL Reunión Plenaria de la Conferencia Permanente de Partidos Políticos de América Latina (Copppal).